Когда товара нет на складе его невозможно положить в корзину, но в каталоге он присутствует

Это зависит от темы оформления. В теме "легкость", например, положить такой товар в корзину нельзя.

да, но этого не видно в основном каталоге, а загружать каждый товар отдельно и узнать что его нет обычно бесит :)

Решается доработкой шаблона магазина, напишите нам в поддержку.